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十、实施特别纳税调整的重大变化
尽管6号公告第四十条援用了2号文第四十三条税务机关实施转让定价纳税调整的程序性规定，但较之2号文规定，6号公告规定的实施特别纳税调整的程序性规定无论是总的提法，还是具体程序的操作都更加谨慎、依据更加明确。
就其总的提法而言，只是说“企业存在特别纳税调整问题”应当按照以下程序实施调整；而不是直接说“企业关联交易不符合独立交易原则而减少其应纳税收入或者所得额的”；就其程序性规定看，6号公告第四十条中的各款几乎都有新的调整或补充，具体列表如下：
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序号
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原2号文条款
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6号公告
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对比分析
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1
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在测算、论证和可比性分析的基础上，拟定特别纳税调查初步调整方案；
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在测算、论证、可比性分析的基础上，拟定特别纳税调查调整方案；
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6号公告删除了2号文中的“初步”两字。
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2
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根据初步调整方案与企业协商谈判，税企双方均应指定主谈人，调查人员应做好《协商内容记录》，并由双方主谈人签字确认，若企业拒签，可由2名以上调查人员签认备案；
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根据拟定调整方案与企业协商谈判，双方均应当指定主谈人，调查人员应当做好《协商内容记录》，并由双方主谈人签字确认。企业拒签的，税务机关调查人员（两名以上）应当注明。企业拒绝协商谈判的，税务机关向企业送达《特别纳税调查初步调整通知书》
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如果企业拒绝协商谈判的，税务机关向企业送达《特别纳税调查初步调整通知书》。2号文规定是如果企业拒绝的，税务机关要进行审议，再作出《特别纳税调查初步调整通知书》，而6号公告名确只要企业拒绝协商谈判的，直接进入向企业送达《特别纳税调查初步调整通知书》阶段，表现处税务机关对企业不配合的更加强势立场。
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3
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企业对初步调整方案有异议的，应在税务机关规定的期限内进一步提供相关资料，税务机关收到资料后，应认真审核，并及时做出审议决定；
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协商谈判过程中，企业对拟定调整方案有异议的，应当在税务机关规定的期限内进一步提供相关资料。税务机关收到资料后，应当认真审议，并作出审议结论。根据审议结论，需要进行特别纳税调整的，税务机关应当形成初步调整方案，向企业送达《特别纳税调查初步调整通知书》
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6号公告增加了“根据审议结论，需要进行特别纳税调整的，税务机关应当形成初步调整方案，向企业送达《特别纳税调查初步调整通知书》”
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4
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根据审议决定，向企业送达《特别纳税调查初步调整通知书》，企业对初步调整意见有异议的，应自收到通知书之日起7日内书面提出，税务机关收到企业意见后，应再次协商审议；企业逾期未提出异议的，视为同意初步调整意见；
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企业收到《特别纳税调查初步调整通知书》后有异议的，应当自收到通知书之日起7日内书面提出。税务机关收到企业意见后，应当再次协商、审议。根据审议结论，需要进行特别纳税调整，并形成最终调整方案的，税务机关应当向企业送达《特别纳税调查调整通知书》；
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6号公告增加了“根据审议结论，需要进行特别纳税调整，并形成最终调整方案的，税务机关应当向企业送达《特别纳税调查调整通知书》；
也就是说不管企业是否提出异义，税务机关都需要审核后向企业送达《特别纳税调查调整通知书》
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5
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确定最终调整方案，向企业送达《特别纳税调查调整通知书》。
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企业收到《特别纳税调查初步调整通知书》后，在规定期限内未提出异议的，或者提出异议后又拒绝协商的，或者虽提出异议但经税务机关审议后不予采纳的，税务机关应当以初步调整方案作为最终调整方案，向企业送达《特别纳税调查调整通知书》。
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6号公告增加了“或者提出异议后又拒绝协商的，或者虽提出异议但经税务机关审议后不予采纳的，税务机关应当以初步调整方案作为最终调整方案，向向企业送达《特别纳税调查调整通知书》。
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在此基础上，6号公告四十一条增加了企业对最终的《特别纳税调查调整通知书》有异议的，企业可以在依照《特别纳税调查调整通知书》缴纳或者解缴税款、利息、滞纳金或者提供相应的担保后，依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院提起行政诉讼。
十一、加收滞纳金和利息的重大变化
6号公告第四十四条（一）明确了加收滞纳金情形：明确以“超过《特别纳税调查调整通知书》补缴税款期限仍未缴纳税款的”，其实在以往的实践中早就是按此规定执行了，6号公告予以明确解决了征纳双方在实际操作中的争议。
第四十四条（三）则鼓励纳税人提供同期资料或提供其他相关资料的情况下只加收利息不加5个百分点，而在54号公告中强调的是纳税人自行调整的情况下才能不加5个百分点。但相反如果纳税人达到准备同期资料的条件或税务机关要求提供同期资料而不准备、不提供同期资料的，则在加收利息的基础上需要再加收5个百分点。
不过，对于自行调整补税54号公告是直接明确按照基准利率加收利息，而6号公告第45条在54号公告规定的基础上增加了“且主动提供同期资料或按税务机关要求提供其他相关资料的”，才能按照基准利率加收利息。也就是说光自行调整还不够，需要主动提供同期资料或根据税务机关的要求提供其他资料才能享受按基准利率加收利息。这是一个较大的变化。
十二、相互协商程序的重大变化
6号公告明确相互协商程序涵盖的内容包括:（一）双边或者多边预约定价安排的谈签；（二）税收协定缔约一方实施特别纳税调查调整引起另一方相应调整的协商谈判。
对于双边或多边预约定价安排的谈签的相关规定，国家税务总局已经在《国家税务总局关于完善预约定价安排管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第64号）进行了明确，而相应地2号文第六章预约定价安排管理的内容已经为该文件明确废止。
作为纳税人应该关注的还有缔约国双方企业在跨境关联交易中因缔约国一方税务机关对其所管辖的企业进行特别纳税调查调整而产生的另一方相应调整的问题。尽管避免双重征税的税收协定第九条联属企业相应已经写入缔约国一方对缔约国另一方的调整有相应调整的义务。然而缔约国一方对本国管辖的纳税人的特别纳税调整是否为缔约国另一方接受而进行相应调整，主要还是在缔约国双方的企业向税务机关提出，经缔约国双方主管当局协商解决其相应调整的问题。实践中该问题是非常艰难的，这就需要作为纳税人一方做好自身的工作，就相互协商程序适用中的合格条件和要求进行事先的资料准备、提供、向国家税务总局书面提交《启动特别纳税调整相互协商程序申请表》和特别纳税调整事项的有关说明，尤其是特别纳税调查调整相关事实真实情况告知要客观，同时积极配合税务机关进行相互协商过程中的进一步的其他资料提供等。
6号公告详细例举了税务机关可以拒绝、暂停、终止相互协商程序的具体情形，并明确了国家税务总局决定暂停或者终止相互协商程序的，应当书面通知省税务机关。负责特别纳税调整事项的主管税务机关应当在收到书面通知后15个工作日内，向企业送达暂停或者终止相互协商程序的《税务事项通知书》。
此外，6号公告还明确了双边协商结果送达、补征、退还税款等具体工作程序；计算应补缴或者应退还的税款的外币折算汇率；补缴税款加收利息的计算方式为按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率等。
十三、特别纳税调查调整表单的重大变化
42号公告及6号公告出台后，特别纳税调查调整表单的重大变化如下表。需要提醒大家注意的是：在原2号文中要求企业准备同期资料时填报《企业功能风险分析表》，并将该表作为表单之一；也许是因为需要准备同期资料的企业会有各种类型如生产制造、贸易、服务等等，而原2号文中的该表仅仅是以生产制造类型企业为蓝本进行设计，所以在42号公告及6号公告中取消了该表。但是我们认为取消该表并不是不需要填报该表，而是应该理解为不做统一格式要求。为了完整清晰、简单明了地反映关联业务往来中各关联方执行的功能和承担的风险，建议企业在准备42号公告同期资料之本地文档时应该填报该表，只是填报的该表应该按不同行业的特性进行设计后填报，而不能千篇一律按原2号文中生产制造企业的格式进行填报，而且该表的填报应该在对企业进行充分的调研和资料收集的情况下根据企业的实际情况进行填报。
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序号
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6号公告
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原2号文
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主要填报内容及重大变化
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1
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特别纳税调整自行缴纳税款表
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新增。企业在特别纳税调整监控管理环节自行调整补税或者在收到《特别纳税调查调整通知书》前自行缴纳税款时使用。
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2
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关联关系认定表
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企业关联关系认定表
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保留。该表是税务机关调查人员对企业与其关联方的关联关系进行审核认定时使用，因此表名删除“企业”以避免误会；同时栏目由2号文的“关联关系类型、认定事实”修改为“税务机关认定关联关系类型、与企业年度关联业务往来报告是否一致”，其中“与企业年度关联业务往来报告是否一致”在是、否、未报告相应的方框内勾选就行。
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3
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关联交易认定表
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企业关联交易认定表
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保留。该表是税务机关进行特别纳税调查时，对企业年度关联业务往来报告表申报的关联交易金额审核认定时使用，因此表名删除“企业”以避免误会；同时栏目也由2号文的 “类型、内容、企业自报额、核增（减）额、认定额”修改为“关联方名称、税务机关认定关联交易类型、税务机关认定关联交易内容、申报关联交易金额、核实关联交易金额”，要求该表应当按不同的关联方、关联交易类型、关联交易内容逐笔填列，而且税务机关认定关联交易类型、税务机关认定关联交易内容的填报与42号文中相应关联申报表及其填报说明保持一致。
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4
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特别纳税调查结论通知书
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特别纳税调查结论通知书
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保留。税务机关对企业实施特别纳税调查，暂未发现企业存在特别纳税调整问题时使用。特别注意内容上由2号文的“未发现”修改为“暂未发现”，保留了继续进一步调查调整的权利。
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5
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协商内容记录
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协商内容记录
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保留。调查人员与被调查企业协商调查调整方案，并征询企业意见时使用。该表“协商内容记录”的格式上由2号文的简单表格格式修改为“协商内容如下及协商内容记录”2项，同时包含了税务及企业双方，是一种标准的会谈记录格式。
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6
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特别纳税调查初步调整通知书（含企业所得税调整项目表、其他税种调整项目表、各项税收应补（退）明细表）
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特别纳税调查初步调整通知书(含应纳税所得额调整项目表及各项税收应补（退）明细表)
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保留。税务机关对企业实施特别纳税调查，发现违反税法规定减少、免除或者推迟应纳税收入或者所得额，并作出初步纳税调整时使用。该通知书的主要变化：1、引用的法律依据增加了 “《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》及其实施细则，因为企业所得税法实施条例第一百二十三条规定：企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整；而企业所得税法及其实施条例自2008年1月1日起施行；2、增加了其他税种调整项目表，明确税务机关应当根据实际情况在本通知书中列示应补缴的各个具体税种及税款。
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7
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特别纳税调查调整通知书（企业所得税调整项目表、其他税种调整项目表、各项税收应补（退）明细表）
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特别纳税调查调整通知书(含应纳税所得额调整项目表；各项税收应补（退）明细表)
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保留。税务机关对企业实施特别纳税调查，发现违反税法规定减少、免除或者推迟应纳税收入或者所得额，并作出纳税调整决定时使用。主要变化内容与初步调整通知书一致。
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8
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启动特别纳税调整相互协商程序申请表
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新增。企业申请启动相互协商程序时使用。
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9
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特别纳税调整相互协商协议补（退）税款通知书（含企业所得税调整项目表、其他税种调整项目表、各项税收应补（退）明细表））
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新增。税务机关根据有关相互协商协议对企业作出相应调整时使用。该表单格式与初步调整通知书及调整通知书的格式保持一致，调增调减均使用该表格。
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10
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企业功能风险分析表
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取消。
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11
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企业年度关联交易财务状况分析表
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平移到22张关联申报表中，包含G113010/20年度关联交易财务状况分析表（报告企业个别/合并报表信息）两种表。
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12
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企业可比性因素分析表
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取消。
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13
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企业可比性因素分析认定表
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取消。
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